È possibile intervenire direttamente su alcuni fattori che influenzano il microbiota. Per quanto riguarda l'alimentazione, si raccomanda di prediligere alimenti freschi, nutrienti e ricchi di fibre.  Questi ultimi creano le condizioni ottimali per la sopravvivenza dei "batteri buoni" dell'intestino. I prebiotici, ossia componenti alimentari non digeribili come le fibre (ad es. inulina e frutto-oligosaccaridi), favoriscono la crescita e l'attività dei batteri presenti nel colon. Anche alcune sostanze vegetali secondarie, come i flavonoidi contenuti nelle mele e gli antociani presenti nei frutti di bosco, hanno un effetto simile, e possono contribuire a rafforzare di conseguenza la stabilità della barriera intestinale.

Fare regolarmente attività fisica rappresenta un beneficio per il nostro microbiota. Il movimento fisico, anche se moderato, è in grado di influenzare positivamente la qualità e la quantità dei batteri intestinali fisiologici, contribuendo al corretto funzionamento del sistema immunitario. Alcuni fattori come l'età, la genetica oppure anche determinate malattie che richiedono l'uso di farmaci sono invece difficili da correggere. In questi casi sarebbe consigliabile intervenire con probiotici di rilevanza medica per poter ripristinare l'equilibrio intestinale e supportare così i propri batteri "buoni". Attraverso l'assunzione di prebiotici è possibile favorire la crescita di batteri intestinali benefici e contribuire così a ridurre la proliferazione di microrganismi patogeni sulla mucosa.