Vývoj obranyschopnosti dieťaťa sa začína už v maternici: vývoj črevnej flóry dieťaťa má vplyv na neskoršie riziko ochorenia.
O vývoji potomkov nerozhodujú len gény, ktoré im odovzdávajú rodičia. Imunita embrya sa formuje už v maternici, pretože prostredníctvom krvi matky prichádza do kontaktu s protilátkami proti rôznym patogénom. Črevná flóra matky má tiež vplyv na vývoj obranyschopnosti dieťaťa: Existujú štúdie, ktoré jasne dokazujú, že baktérie v čreve matky formujú imunitný systém dieťaťa. Ak matka užíva prospešné baktérie vo forme probiotík počas posledného mesiaca tehotenstva a v tejto liečbe pokračuje dieťa počas prvých šiestich mesiacov života, je menej pravdepodobné, že sa u týchto detí neskôr vyvinie neurodermatitída.

Materské mlieko ako počiatočná výhoda
Spôsob, akým dieťa uzrie svetlo sveta, ovplyvňuje aj to, aké baktérie sa usadia v jeho črevách. Ak sa dieťa narodí cisárskym rezom, nedostane sa do kontaktu s baktériami v pôrodných cestách matky. To má za následok zníženie rozmanitosti mikroorganizmov v črevách dieťaťa – a nedostatok prospešnej kyseliny mliečnej a bifidobaktérií.
Dojčenie to môže kompenzovať, pretože materské mlieko je bohaté na bifidobaktérie. Tie znižujú riziko vzniku infekcií a hnačky. Ak matky užívajú aj probiotiká, ochranná funkcia sa môže dojčením ešte zvýšiť. Rôzne kmene baktérií podporujú trávenie dieťaťa, pomáhajú pri vlastnej produkcii vitamínov a zabezpečujú, aby sa patogénne baktérie nemohli šíriť. Mikrobióm v čreve dieťaťa sa však môže ľahko narušiť: napríklad ak je liečené antibiotikami. Najmä v prvých dvoch rokoch je črevná flóra veľmi citlivá na vonkajšie vplyvy.
Črevná flóra a imunita
Ak sa črevná flóra, a tým aj imunitný systém, nevyvíja správne, u detí sa neskôr častejšie vyskytuje astma, alergie a autoimunitné ochorenia, ako je napríklad cukrovka 1. typu. V západnom svete sa počet alergikov neustále zvyšuje. Vedci predložili ako dôvod hygienickú hypotézu: Nadmerná čistota môže byť sprevádzaná prehnanou reakciou imunitného systému. Imunitný systém potom reaguje na látky, ktoré sú v skutočnosti neškodné, ako napríklad peľ alebo roztoče domáceho prachu. Mnohé štúdie preukázali, že deti, ktoré vyrastajú na farme, majú silnejšiu imunitu. Menej často trpia astmou a sennou nádchou. Preto je dobré, ak rodičia umožnia deťom kontakt so zvieratami už v ranom veku a nechajú ich hrať sa často vonku.